Die Bestände und Sammlungen des Archivs des Stadtgeschichtlichen Museums Spandau sind in sieben Oberkategorien unterteilt: Bibliotheken, Münzkabinett, Abbildungen, Schriftgut, Karten und Pläne, Nachlässe, sowie Audio und Video. Zusätzlich gibt es mehrere Unterebenen, die eine genauere Verortung der Archivalien innerhalb der Archivstruktur nach Inhalt, Objektart oder Herkunft erlauben. Welcher Faktor als primäres Ordnungselement gewählt wird, hängt von den jeweiligen Objekten ab. Einzeldokumente sind meist nach Inhalt oder Objektart sortiert und entsprechenden Sammlungen zugeordnet. Größere Mengen an zusammenhängenden Unterlagen werden hingegen als Bestände nach Provenienz abgelegt. Ihre innere Struktur wird, falls vorhanden, übernommen. Andernfalls wird der Bestand durch Ordnung und Sortierung der enthaltenen Archivalien strukturiert und aufbereitet. Diese gemischte Form der archivischen und musealen Arbeitsweise ergibt sich aus der historisch gewachsenen Doppelidentität dieser Einrichtung. Zum einen wird die Tradition des alten Stadtarchivs fortgesetzt, zum anderen ist durch die Zugehörigkeit zum Stadtgeschichtlichen Museum ein Museumsarchiv entstanden.